En Número 9 la historia transcurre en un futuro muy próximo. El invento conocido como la Gran Máquina activa y aporta energía a las máquinas que se han alzado contra la raza humana, diezmando a la población, antes de empezar a apagarse. El mundo pronto quedará destruido, pero un grupo de nueve criaturas a las que un científico infundió vida poco antes de la catástrofe, intenta salvar lo poco que queda de la civilización. Entre el grupo, Número 9 (voz de Elijah Wood) demuestra tener madera de líder y cualidades que quizá les ayuden a sobrevivir e incluso a prosperar.