En esta quinta temporada llena de acción, la chispa salta cuando Woolsey se convierte en el nuevo líder del equipo Atlantis. Mientras tanto,McKay se enfrenta a complicados retos personales; Teyla debe compatibilizar su papel de madre con el de guerrera; El pasado de Ronan vuelve con sed de venganza, y Keller, en peligro, encuentra ayuda inesperada. Una relación provisional con el Wraith dará un giro sorprendente y nuevos adversarios ponen a prueba el coraje del equipo que saldrá adelante como nunca antes.